水晶摆放是解谜的关键环节之一。游戏内水晶通常需要按照特定顺序和位置放置才能触发机关或打开通道。以绿骑士关卡为例，晶片摆放顺序为绿色、蓝色、红色、紫色、黄色，必须严格按照此顺序操作。绿色晶片应放置在最左侧插槽并靠近绿骑士雕像，蓝色晶片位于绿色右侧的次左侧插槽，红色晶片紧随其后，紫色晶片置于最右侧第二个插槽，黄色晶片则放在最末端插槽。
完成正确摆放后，绿骑士雕像会发出绿色光芒并开启通道。部分关卡的水晶机关需要结合场景中的其他线索，例如望远镜观测结果或卷轴提示。在第十四关的星球模型摆放中，需先将镜片装在望远镜上观察星球位置，随后将两个星球模型放入左边机关，调节红绿圆形空缺使其支架与模型对应。这种空间对应关系是解决水晶类谜题的常见设计逻辑。
某些场景会出现以颜色和图形组合的密码锁，如绿三角形、蓝正方形、红圆形等符号系统。当获得石球类道具时，可能需要将其装入雕像眼部触发密码界面，需按照既定颜色图形组合输入。此类机关往往需要先收集分散在场景中的密码碎片，通过铲子、斧头等工具获取隐藏道具后才能完整破解。
部分高阶水晶谜题涉及光线反射机制。获得镜子道具后，需将其安装在特定位置完成光路连接，通过调整反射角度使光线照射到目标区域。这种物理模拟玩法要求玩家理解基础光学原理，例如在凿开墙壁前需先用木棍和铁锹组合工具，再通过光线指引找到正确凿击点。光线类谜题通常与水晶摆放形成复合型机关，需分阶段完成。
水晶摆放的容错机制较为严格，错误操作不会导致游戏进度重置，但会延迟解谜进程。当遇到无法推进的情况时，可重新检查场景中是否有未触发的交互点或未收集的道具。某些水晶机关具有多步骤验证特征，例如在完成星球模型摆放后，还需返回桌面用抹布擦拭获取I-IO图形线索，再通过三角碎片解锁1412数字密码。这种环环相扣的设计需要保持逻辑连贯性。
最终阶段的水晶操作通常直接关联通关路径。当所有晶片正确就位后，传送门或密室通道会即时开启。需注意场景中可能同时出现的可收集物品，例如红宝石常隐藏在箱体、沙发或仪器等次要交互点。完成主要水晶机关后，建议系统性地复查场景各区域，确保不遗漏任何可能影响后续关卡进度的关键道具。