在二周目开始时，你会发现自己站在家门口，大木博士会主动来找你。这时候如果你的图鉴已经收集了60种以上的宝可梦，博士会帮你升级到全国图鉴模式。完成这个步骤后，冰天王科拿会暂时离开联盟，这时你需要前往枯叶市的码头，那里停靠着能带你去一之岛的圣安奴号游轮。和码头的水手对话就能上船，选择一之岛作为目的地即可。
到达一之岛后，先别急着探索，记得去岛上的宝可梦中心恢复体力。接下来重点要找到位于岛屿北部的灯火山，那里藏着关键道具红宝石。沿着光辉之路往右走会遇到两个火箭队成员，打败他们后进入山洞深处就能拿到红宝石。记得带上会冲浪和碎岩技能的宝可梦，这些技能在探索过程中必不可少。拿到红宝石后返回宝可梦网络中心，交给研究员阿锦，他会告诉你还需要找到蓝宝石。
接下来可以乘船前往其他岛屿继续任务，但一之岛的剧情还没结束。在灯火山的温泉处，一位老爷爷会送你秘传技能机HM06碎岩，这个技能能帮你打开新道路。如果还没收服火焰鸟，记得去灯火山顶层看看，它就在那里等着你。火焰鸟等级较高，建议提前准备好合适的宝可梦和精灵球。
完成一之岛的主要任务后，你会获得彩虹通行证，这样就能自由往返各个岛屿了。别忘了检查背包里的关键道具，比如船票和通行证，它们会直接影响后续的探索进度。如果中途卡关，可以回顾博士和研究员给出的提示，他们的话里往往藏着重要线索。
最后二周目的岛屿任务环环相扣，一之岛只是起点。红宝石和蓝宝石的收集会影响后续剧情，所以务必认真对待每个步骤。岛上还有很多隐藏道具和训练师，耐心探索会有意外收获。祝你在一之岛的冒险顺利！