玩家可以捕捉到多只传说中的神兽，包括急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦等。这些神兽分布在游戏的不同区域，需要满足特定条件才能遇到。急冻鸟位于双子岛深处，需用冲浪技能抵达并通过推石头堵住瀑布的谜题；闪电鸟藏在无人发电厂最内部；火焰鸟则栖息在1号岛的灯火山顶。超梦作为游戏中最强的神兽之一，需通关后前往华蓝洞窟底层，使用冲浪和攀瀑技能才能到达其所在地。
建议将目标神兽的血量削弱至红色状态，并施加睡眠或冰冻异常状态以提高捕获率。对于闪电鸟，携带地面系或岩石系宝可梦可有效抵抗其电系技能；火焰鸟则建议使用水系或岩石系宝可梦应对。急冻鸟的推石头谜题需按特定顺序（上→右→下→左）完成，错误操作可能导致需要重新尝试。若没有大师球，可使用时间球，其效果随战斗回合数增加而提升，超过30回合后捕获率优于高级球。
雷公会在击败四大天王后随机出现在关东地区的草丛中；洛奇亚位于第八座彩虹岛的右下方，等级高达70级；迪奥西斯则需在第九座彩虹岛完成拼图后出现。冰神柱同样位于双子岛，但需注意其出现条件可能与急冻鸟不同。古拉顿可在1号岛火焰山地下捕获，而吉拉奇则隐藏在幽灵塔顶楼，需留意其特殊出现机制。
神兽的捕捉策略需根据其属性和技能特点调整。超梦拥有极高的特攻属性，建议携带恶系或虫系宝可梦对抗；洛奇亚作为飞行与超能力系神兽，使用电系或岩石系技能可造成显著伤害。部分神兽如迪奥西斯存在不同形态，其能力值会随形态变化而改变，需提前了解其特性以制定针对性战术。
部分神兽如急冻鸟和闪电鸟的所在地存在复杂地形或迷宫结构，可提前查阅地图规划路线。携带足够的精灵球（如高级球、时间球）和恢复道具是成功捕获的关键。若遇到神兽逃跑或战斗失败，可通过重新读档再次尝试，直至达成目标。