迷失岛2中涉及眼睛的关卡主要围绕红色眼球和蓝色符石的获取与使用展开，这些道具是解开二周目核心谜题的关键。红色眼球需在二周目流程中通过特定步骤获取，首先需完成灯塔密码解密（北南西东东北方向输入），进入灯塔后在三楼完成类似魔方的灯泡谜题点亮灯塔，随后返回码头触发船只出现。在船顶层容器区域可找到红色眼球，而蓝色符石则需通过工厂外星人房间的线索拼接获得，两者共同用于激活神庙密室壁画机关。
工厂区域的铁箱解密是红色眼球的核心使用场景。将红色眼球放入铁箱中央后，会触发一圈眼睛图案的机关，其解法需参考神庙密室壁画上的提示——壁画显示只有中间和第3、5、7、8号眼睛处于睁开状态。正确激活后能获得关键道具铁锥，该道具需在神庙密室光柱处使用，通过与出现的NPC对话可获得金字塔密室的四位数字密码（如4325）。此过程中需注意，眼睛机关的排列逻辑与钟表指针方位相关，例如数字1代表12点与3点之间的东北向。
神庙密室的终极解密需要结合多个线索。在金字塔门口墙壁裂缝处查看开发人员名单，其首尾图案与密室密码盘符号对应；同时需对照神秘雕像处的触角数量，最终推导出如49180375的密码序列。将铁锥置于光柱后，NPC会提示金色石饼的摆放方式（如按长度4325排列），若将之前获得的蓝色能量块放入火箭一楼能量槽，即可完成飞船启动准备。红色眼球在墙壁水滴谜题中也有二次应用，需根据钟表方位调整水滴位置以激活隐藏机关。
整个解密流程强调逻辑链条的完整性，从眼球获取到符石转化需严格遵循场景提示。漂流瓶内的数字、开发名单的隐藏信息、外星人雷达图等线索具有强关联性，建议随时使用游戏内笔记功能记录图案与数字。若在鲸鱼肚内获取鱼骨或破解八音盒密码（如DGEGDA）时遇到阻碍，可回溯灯塔二楼黑板图案或工厂09房间的鲁特琴拼图，这些前置步骤的完成度会直接影响眼睛关卡的解密流畅度。
最终阶段需在火箭休眠舱完成颜色匹配谜题，将获得的蓝色能量晶体放入指定位置。该环节需注意宇航员对话中关于哥哥的投影提示，其指向早期记录的宇航员雕塑眼睛方向。所有眼睛相关机关的共性在于：它们并非独立谜题，而是通过时间机器、工厂装置、神庙壁画等系统形成网状解谜结构，建议优先确保一周目所有时空跳跃事件完成，否则二周目部分眼睛机关将无法触发。