更换主将的核心操作需通过部队配置界面完成。进入游戏后，点击主界面下方的部队按钮，选择需要调整的部队进入详情页。当前主将头像右侧会显示下阵选项，点击后该主将解除上阵状态，随后点击空置的主将位，从可用武将列表中选择新主将并确认上阵。需注意主将统御值不得超过队伍上限，且新主将需满足兵种适性要求。更换后需重新分配兵力，确保部队战斗力不受影响。
主将的选择需综合考虑武将属性、战法联动及兵种克制关系。主将位优先放置高武力或智力值的核心输出武将，例如刘备、曹操等高统率角色可提升队伍生存能力。若主将自带指挥类或被动类战法（如曹操的乱世奸雄），其效果往往能覆盖全队，此类武将更适合担任主将。同时需避免将依赖主动战法的武将置于主将位，因主将阵亡会导致战斗直接失败，稳定性较低的武将可能增加风险。
兵种适应性是更换主将时的关键限制条件。每个武将的兵种适性分为S/A/B/C四级，主将兵种适性至少需达到A级才能发挥基础战力。例如骑兵队伍主将需具备骑兵A级以上适性，否则属性加成大幅降低。若需调整兵种，可通过营帐界面的兵种转换功能实现，但需消耗策书或特殊道具。部分特殊兵种如象兵藤甲兵需通过事件或传承获取，更换主将前需确保新主将拥有对应兵种权限。
实战中更换主将需结合战场环境动态决策。对抗高爆发队伍时，可更换为自带减伤战法的主将（如程普的勇烈持重）；面对控制型敌人时，选择具备洞察效果的主将（如赵云的一身是胆）可避免被连环控场。主将位置会影响副将战法触发顺序，例如副将携带的突击战法需在主将普攻后发动，因此主将攻击频率越高，副将输出效率越显著。
主将技能若包含增益效果（如周泰的肉身铁壁），需确保副将能有效利用这些加成。部分战法组合存在强制联动，例如主将携带三势阵时，副将需满足阵营差异条件才能激活战法最大效果。每次更换主将后，建议通过低级土地或演武场测试队伍表现，优化兵力分配与战法衔接，再投入高强度战斗。